Sinopsis:

Japón, 2039. Diez años después del brote del "Virus del Apocalipsis", un evento solemnemente llamado "Lost Christmas", la otra vez orgullosa nación ha caído bajo el gobierno del GHQ, una fuerza militar independiente dedicada a restaurar el orden. Funeral Parlour, un grupo guerrillero liderado por el infame Gai Tsutsugami, actúa como la única resistencia al GHQ.

Inori Yuzuriha, un miembro clave de Funeral Parlour, se encuentra con el débil e insociable Shuu Ouma durante una operación crucial, lo que le permite obtener el "Poder de los Reyes", una habilidad que permite al portador extraer las manifestaciones de la personalidad de un individuo, o "vacíos". Shuu, que ahora es un participante reacio en la lucha contra el GHQ, debe aprender a controlar su nuevo poder si quiere ayudar a recuperar Japón de una vez por todas.

Guilty Crown relata la historia de ciencia ficción de un joven estudiante de secundaria que se ve arrastrado a una guerra y posee una habilidad que lo ayudará a descubrir los secretos del GHQ, Funeral Parlor y Lost Christmas. Sin embargo, pronto aprenderá que la verdad tiene un precio mucho mayor de lo que jamás hubiera imaginado.