Sinopsis:

Heliópolis, la llamada colonia espacial neutral, tenía una instalación de investigación de armas ultrasecreta, que producía Gundams para la Alianza Terrestre. ZAFT, que está compuesto por Coordinadores (humanos genéticamente modificados/mejorados), ataca a Heliópolis y roba 4 de los 5 Gundams de la Alianza. En el campo de batalla, la civil Kira Yamato se topa con el Strike, el último Gundam que queda de la Alianza, y se ve obligada a pilotarlo. En medio de la batalla se encuentra con su mejor amigo, Athrun Zala, como uno de los secuestradores de los 5 Gundams, que se pone del lado de ZAFT. Al ser Coordinador, es el único que puede pilotar el Gundam. Pero Kira no está con ZAFT, a pesar de que son de su propia especie, ni con la Alianza. Dado que la Alianza es el único lugar al que podía recurrir en ese momento, se pone del lado de ellos. Pilota el Gundam para proteger a sus amigos y luchar contra su mejor amigo, lo que les duele a ambos. Es una guerra entre creencias individuales.