Sinopsis:

En 2015, quince años después de un cataclismo global conocido como el Segundo Impacto, Ikari Shinji es convocado a la ciudad de Tokio-3 por su padre Gendou, el Comandante Supremo de NERV. Cuando se ve atrapado en el fuego cruzado entre las fuerzas de la ONU y el Cuarto Ángel, el teniente coronel Katsuragi Misato rescata a Shinji y lo lleva al cuartel general de NERV. Gendou luego obliga a Shinji a pilotar Evangelion Unit-01, un gran mecha, contra el Ángel. Shinji inicialmente se niega, pero luego concede cuando Gendou amenaza con enviar a Ayanami Rei, un piloto de Evangelion fuertemente vendado, a la batalla.

Shinji pilota la Unidad-01 y gana la pelea después de que se vuelve loco y destruye al Ángel. Luego, Shinji es acogido por Misato como su nuevo compañero de casa y se inscribe en la escuela secundaria local. Shinji intenta adaptarse a su nueva vida junto a Misato, Rei y los demás mientras recibe entrenamiento para defender Tokio-3 y el mundo de los Ángeles venideros ...