Sinopsis:

El esqueleto resucitado del tercer ángel escapa de su confinamiento e intenta escapar de la base ártica de Betania de NERV, pero Makinami Mari Illustrious, un nuevo piloto, lanza la Unidad Provisional 05 de Evangelion y destruye al ángel autodestruyendo el EVA y expulsándose de manera segura en el último momento.

Mientras tanto, Ikari Shinji y su padre Gendou visitan la tumba de Yui. Poco después, el Séptimo Ángel ataca, pero es rápidamente enviado por la recién llegada Unidad-02 y su testaruda piloto, Shikinami Asuka Langley. Kaji Ryouji le entrega a Gendou una maleta que contiene la misteriosa "Llave de Nabucodonosor" y señala que la destrucción de la Unidad-05 fue según lo planeado.

Luego, Gendou y Fuyutsuki Kouzou visitan el complejo lunar de NERV, la Base Tabgha, para ver la construcción de Evangelion Mark.06, que se observa como diferente de los otros EVA. Se les niega el permiso para aterrizar, pero ven brevemente a Nagisa Kaworu sentada en el espacio sin un traje espacial. Durante la ausencia de Gendou, el Octavo Ángel ataca a Tokio-3. Shinji, Asuka y Rei lo matan en un plan improvisado ideado por Katsuragi Misato. Tanto la Unidad-00 como la Unidad-01 están dañadas. Gendou regresa y pide que los reparen a ambos, pero SEELE solo permite la reparación de la Unidad-01 ...