Sinopsis:

Han pasado catorce años desde el Tercer Impacto, pero los Ángeles continúan sus ataques contra la humanidad. Ikari Shinji es rescatado de Evangelion Unit-01 y descubre que las cosas han cambiado, pero no para mejor: el mundo ha sido devastado, sus antiguos aliados de NERV se han vuelto hostiles hacia él, y Ayanami Rei, la chica por la que Shinji arriesgó todo. no se encuentra en ninguna parte. Mientras intenta adaptarse a este extraño mundo nuevo, Shinji se hace amigo de la enigmática Nagisa Kaworu.

Juntos en su búsqueda de Rei, la pareja aprende las terribles verdades detrás de los Ángeles, NERV y los Evangelions. Pero queda un leve rayo de esperanza para los dos chicos: una única oportunidad para deshacer los errores del pasado. Ahora los remanentes de la humanidad están tras ellos, los Ángeles corren para detenerlos y sus viejos amigos los han declarado enemigo público número uno. Con solo Kaworu para apoyarlo y todo el mundo en su contra, Shinji debe luchar por su única oportunidad de redención. Pero eso bien puede significar terminar lo que comenzó: el fin del mundo.